Os bancos de dados do SQL Server usam dois arquivos - um arquivo MDF, conhecido como arquivo de banco de dados primário, que contém o esquema e os dados, e um arquivo LDF, que contém os logs. Veja wikipédia. Um banco de dados também pode usar um arquivo de banco de dados secundário, que normalmente usa uma extensão .ndf.

Como John S. indica, essas extensões de arquivo são puramente convencionais - você pode usar o que quiser, embora eu não consiga pensar em uma boa razão para fazer isso.

Mais informações sobre o MSDN aqui e em Beginning SQL Server 2005 Administation (Google Books) aqui.