flask.ext. é um padrão obsoleto que foi usado predominantemente em extensões e tutoriais mais antigos. O aviso está dizendo para você substituí-lo pela importação direta, que ele supõe ser flask_mysql . No entanto, o Flask-MySQL está usando um padrão ainda mais desatualizado, flaskext. . Não há nada que você possa fazer sobre isso além de convencer o mantenedor a lançar uma nova versão que o corrija. from flaskext.mysql import MySQL deve funcionar e evitar o aviso, embora de preferência o pacote seja atualizado para usar flask_mysql em vez de.