Parece que o MySQL ou um firewall está matando suas conexões inativas que estão em seu pool de conexões jdbc por longos períodos de tempo:
com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException: Communications link failure
The last packet successfully received from the server was 4,665,488 milliseconds ago.
Verifique o valor de wait_timeout no MySQL.
Você pode brincar com as configurações DBCP por exemplo. validaçãoQuery, testOnBorrow e testWhileIdle.
Uma configuração que é 'cinto e suspensórios' e provavelmente resolverá seu problema às custas do desempenho é:
<bean id="dataSource" class="org.apache.commons.dbcp.BasicDataSource" destroy-method="close">
<property name="driverClassName" value="${jdbc.driverClassName}"/>
<property name="url" value="${jdbc.url}"/>
<property name="username" value="${jdbc.username}"/>
<property name="password" value="${jdbc.password}"/>
<property name="validationQuery" value="SELECT 1"/>
<property name="testOnBorrow" value="true"/>
</bean>
O acima testará as conexões toda vez que você emprestar do pool.
