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Como JOIN duas colunas com um dado serializado?


O MySQL não sabe o que é uma serialização PHP. Você pode armazenar os IDs das categorias como uma string no seguinte formato:
2,4,5,10,...

Em seguida, use uma combinação de SUBSTRING_INDEX() e FIND_IN_SET() Funções do MySQL para verificar a existência de categories.id em ecommerce_products.catid :
SUBSTRING_INDEX(
    SUBSTRING_INDEX(ecommerce_products.catid,
        ',',
        FIND_IN_SET(categories.id, ecommerce_products.catid)
), ',', -1)

Para selecionar os títulos das categorias para cada registro de produto, precisamos concatenar os títulos por GROUP_CONCAT() função, então a consulta final seria algo assim:
SELECT p.id,
       p.catid
       GROUP_CONCAT(cat.title ORDER BY cat.id SEPARATOR '|') as 'categories',
       p.manid,
       p.name
FROM ecommerce_products AS p
LEFT JOIN categories AS cat
    ON cat.id = SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(p.catid, ',', FIND_IN_SET(cat.id, p.catid)), ',', -1)
-- more query...
GROUP BY p.id; -- Group the result to concatenate the categories titles

Nessa abordagem, talvez seja necessário usar $this->db->query(); para executar a consulta manualmente.

Observação:
Como alternativa, você pode usar o seguinte para ON declaração:
LEFT JOIN categories AS cat
    ON p.catid REGEXP CONCAT('[,]{0,1}', cat.id, '[,]{0,1}')

Caso de teste


Aqui está meu caso de teste em SQLFiddle :
SELECT p.id,
       p.name,
       GROUP_CONCAT(c.title ORDER BY c.id SEPARATOR '|') as 'categories'
FROM products as p
JOIN categories as c
  ON c.id = SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(p.cat_id, ',', FIND_IN_SET(c.id, p.cat_id)) , ',', -1)
GROUP BY p.id;

Resultado:

ID    NAME          CATEGORIES
--    ---------     -----------
1     Product 1     Cat 1|Cat 3
2     Product 2     Cat 2|Cat 4
3     Product 3     Cat 1|Cat 4
4     Product 4     Cat 2|Cat 3