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Como faço para alterar todas as tabelas do meu banco de dados para usar AUTO_INCREMENT=1


Para alterar o valor do contador AUTO_INCREMENT a ser usado para novas linhas, faça o seguinte:
ALTER TABLE `table_name` AUTO_INCREMENT = 1;

Para atualizar todas as suas 31 tabelas, você pode usar este script php:
<?php
$tables = array('table1','table2','tableX'); //continue here
foreach($tables as $update)
{
     mysql_query("ALTER TABLE `".$update."` AUTO_INCREMENT = 1;");
}
?>