mysql-server (de qualquer versão) depende de outros pacotes (no seu caso mysql-community-libs mysql-community-server)

Quando é instalado em primeiro lugar com a versão antiga, esse material é instalado. Quando você "desinstala" o servidor mysql, essas dependências NÃO são removidas.

Quando você tentar instalar a nova versão, esses pacotes ainda existentes entrarão em conflito com o novo pacote. Não importa se os arquivos reais no pacote estão lá, é o pacote e está listando o que esperar que entra em conflito.

Para resolver seu problema, descubra quais eram as dependências do mysql-server e desinstale-as antes de tentar instalar.

Esta resposta https ://superuser.com/questions/294662/how-to-get-list-of-dependencies-of-non-installed-rpm-package pode ser de interesse para descobrir do que o servidor mysql depende