o cliente 'mysql', ignorará totalmente o parâmetro -P, se detectar que o mysql está sendo executado em um soquete unix. Então, mesmo que você peça a porta sphinxQL, você está se conectando ao mysql
Usar
mysql -P9306 --protocol=tcp
para dizer ao cliente para ignorar o soquete.
Dica profissional:
mysql -P9306 --protocol=tcp --prompt='sphinxQL> '
que serve como um lembrete contínuo útil de que você está conectado ao sphinx, não ao mysql :)
