Tente isso...
INSERT INTO admin_rule_module VALUES (13, 2, 'allow')
ON DUPLICATE KEY UPDATE permission = 'allow', entity_id = 2;
Supondo que você tenha uma chave UNIQUE KEY (rule_set_id, entity_id), pelo menos. Se você quiser fazer isso com uma condicional e várias declarações, você tem que colocar em um PROCEDURE ou FUNCTION.
