o que eu faria é separá-los
data :
{
sort1:$('#sortable1').sortable('serialize'),
sort2:$('#sortable2').sortable('serialize')
}
então, quando você postar, poderá obter a solicitação e configurá-la conforme necessário, espero que faça sentido
então o que eu faço é isso
parse_str($_REQUEST['sort1'],$sort1);
foreach($sort1 as $key=>$value){
//do sutff;
}