Em vez de usar
IN() , usaria FIND_IN_SET() ser uma opção também? http://dev.mysql .com/doc/refman/5.0/en/string-functions.html#function_find-in-set
mysql> SELECT FIND_IN_SET('b','a,b,c,d');
-> 2
Aqui está um exemplo completo baseado no problema de exemplo na pergunta, confirmado como testado pelo autor da pergunta em uma edição anterior da pergunta:
SELECT name FROM person LEFT JOIN tag ON person.id = tag.person_id GROUP BY person.id
HAVING ( FIND_IN_SET(1, GROUP_CONCAT(tag.tag_id)) ) AND ( FIND_IN_SET(2, GROUP_CONCAT(tag.tag_id)) );
+------+
| name |
+------+
| Bob |
+------+
