Existe uma maneira de fazê-lo. Como o hibernate escolhe ordenar um conjunto de colunas para uma chave primária é alfabética por seus nomes de objetos definidos.
Assim, por ex. se você declarar seus objetos assim:
private byte loc;
private long epochtime;
Você obterá como está recebendo agora:
(`epochtime`,`loc`)
Mas se você renomeá-los para, por exemplo:
private byte aloc;
private long epochtime;
Ele geraria como:
(`aloc`, `epochtime`)
Como a vem antes de e.
Foi o que descobri quando queria que meu índice clusterizado estivesse na ordem específica. Eu sei que é irritante, mas é a única maneira que encontrei para não ter que alterar meu esquema manualmente.