insert into $table values (1, a, b), (2, c, d), (3, e, f);
Isso realizará uma inserção de 3 linhas. Continue conforme necessário para chegar a 100.000. Eu faço blocos de ~ 1.000 dessa maneira ao fazer o trabalho de ETL.
Se seus dados estiverem estaticamente em um arquivo, transformá-los e usar carregar dados no arquivo será o melhor método, mas acho que você está perguntando isso porque faz algo semelhante.
Observe também o que alguém disse sobre o tamanho do max_allowed_packet limitando o comprimento da sua consulta.
