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Subconsulta do Mysql sempre fazendo filesort


Using filesort não é necessariamente uma coisa ruim. O nome é um pouco enganador. Embora contenha "arquivo", isso não significa que os dados sejam gravados em qualquer lugar do disco rígido. Ele ainda é apenas processado na memória.

Do manual :

Você entende por que isso acontece na sua consulta, certo? Usar esse tipo de subconsultas é um estilo ruim, pois é um dependente subconsulta. Para cada linha em seu app table a subconsulta é executada. Muito mal. Reescreva a consulta com um join .
select app.id,
gp.dateup
from app 
join gamesplatform_pricehistory gp on gp.id_app = app.id
where app.id > 0
and gp.country = 1
and gp.dateup = (SELECT MAX(dateup) FROM gamesplatform_pricehistory smgp WHERE smgp.id_app = gp.id_app AND smgp.country = 1)
;

Isso ainda usa uma subconsulta dependente, mas a explain parece muito melhor:
| id |        select_type | table |  type | possible_keys |     key | key_len |                        ref | rows |                    Extra |
|----|--------------------|-------|-------|---------------|---------|---------|----------------------------|------|--------------------------|
|  1 |            PRIMARY |   app | index |       PRIMARY | PRIMARY |       4 |                     (null) |    2 | Using where; Using index |
|  1 |            PRIMARY |    gp |   ref |        id_app |  id_app |       5 |    db_2_034bc.app.id,const |    1 | Using where; Using index |
|  2 | DEPENDENT SUBQUERY |  smgp |   ref |        id_app |  id_app |       5 | db_2_034bc.gp.id_app,const |    1 |              Using index |

Outra maneira de reescrever, seria assim:
select app.id,
gp.dateup
from app 
LEFT join 
(SELECT id_app, MAX(dateup) AS dateup 
 FROM gamesplatform_pricehistory
 WHERE country = 1
 GROUP BY id_app
)gp on gp.id_app = app.id
where app.id > 0
;

A explicação parece ainda melhor:
| id | select_type |                      table |  type | possible_keys |     key | key_len |    ref | rows |                    Extra |
|----|-------------|----------------------------|-------|---------------|---------|---------|--------|------|--------------------------|
|  1 |     PRIMARY |                        app | index |       PRIMARY | PRIMARY |       4 | (null) |    2 | Using where; Using index |
|  1 |     PRIMARY |                 <derived2> |   ALL |        (null) |  (null) |  (null) | (null) |    2 |                          |
|  2 |     DERIVED | gamesplatform_pricehistory | index |        (null) |  id_app |      13 | (null) |    2 | Using where; Using index |

E aqui está uma versão em que você não tem nenhuma subconsulta dependente:
select app.id,
gp.dateup
from app 
left join gamesplatform_pricehistory gp on gp.id_app = app.id and country = 1
left join gamesplatform_pricehistory gp2 on gp.id_app = app.id and country = 1 and gp.dateup < gp2.dateup
where app.id > 0
and gp2.dateup is null
;

Funciona assim:Quando gp.dateup está no máximo, não há gp2.dateup .