Mysql
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Substitua a linha de quebra por '\n'


Em PHP existe uma função chamada nl2br 
 echo nl2br("hello\nWorld");

e o resultado é 
 hello<br/>World

Em sql existe uma função chamada REPLACE 
   UPDATE yourtable SET field=REPLACE(REPLACE(field, CHAR(13), ''), CHAR(10), '')

E finalmente em javaScript você tem replace também 
myString = myString.replace(/\r?\n/g, "");

Boa sorte