Tente reduzir significativamente o tamanho do cache de consulta. 1G é provavelmente muito grande.

Comece com 16M ou 32M e ajuste o query_cache_limit de acordo (256K?) - e avance conforme o desempenho de leitura aumenta sem atingir "Aguardando bloqueio do cache de consulta" nas gravações.

"Tenha cuidado ao dimensionar o cache de consulta excessivamente grande, o que aumenta a sobrecarga necessária para manter o cache, possivelmente além do benefício de habilitá-lo. Tamanhos em dezenas de megabytes geralmente são benéficos. Tamanhos em centenas de megabytes podem não ser."http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.6/en/query-cache.html