Criando JSON aninhado usando PHP MySQL

Para agrupar eficientemente os dados do subarray, você deve implementar chaves temporárias. cityId é um valor adequado para agrupar por -- porque cityNames pode duplicar intencionalmente no futuro, mas cityId nunca deve duplicar não/intencionalmente em sua tabela de banco de dados.

Quando cada novo cityId for encontrado, o condicional isset() A chamada determinará se um conjunto novo/completo de dados deve ser armazenado ou se os dados devem ser meramente anexados ao subarray.

Estou chamando array_slice() uma vez que reduz a sintaxe/código desnecessários.

Depois de percorrer todas as linhas, você pode reindexar o $result array, aninhe-o dentro de runBasedOnCity e adicione o status elemento.

Mostrarei minha demonstração com PRETTY_PRINT para que seja mais fácil de ler, mas no seu código real, você deve remover o parâmetro. Além disso, um conselho -- tente manter seus nomes de variáveis breves para melhorar a legibilidade.

Código:(Demonstração )

$resultset = [
    ["id" => "1", "cityId" => "1", "cityName" => "Bengaluru", "runId" => "2", "distance" => "10k", "status" => "1"],
    ["id" => "2", "cityId" => "1", "cityName" => "Bengaluru", "runId" => "1", "distance" => "5k", "status" => "1"],
    ["id" => "3", "cityId" => "1", "cityName" => "Bengaluru", "runId" => "5", "distance" => "3k", "status" => "0"],
    ["id" => "4", "cityId" => "2", "cityName" => "Chennai", "runId" => "1", "distance" => "5k", "status" => "1"],
    ["id" => "5", "cityId" => "2", "cityName" => "Chennai", "runId" => "2", "distance" => "10k", "status" => "1"],
    ["id" => "6", "cityId" => "2", "cityName" => "Chennai", "runId" => "4", "distance" => "15k", "status" => "1"]
];

foreach ($resultset as $row) {
    if (!isset($result[$row["cityId"]])) {
        $result[$row["cityId"]] = array("id" => $row["id"], "cityId" => $row["cityId"], $row["cityName"] => array(array_slice($row,-3)));
    } else {
        $result[$row['cityId']][$row["cityName"]][] = array_slice($row,-3);
    }
}

if (!isset($result)) {   // don't need to check rowCount() at all
    $result = 'Runs not found';
} else {
    $result = array_values($result);
}

$result = array("status" => true, "runsBasedOnCity" => $result);

var_export(json_encode($result, JSON_PRETTY_PRINT));

Resultado:

'{
    "status": true,
    "runsBasedOnCity": [
        {
            "id": "1",
            "cityId": "1",
            "Bengaluru": [
                {
                    "runId": "2",
                    "distance": "10k",
                    "status": "1"
                },
                {
                    "runId": "1",
                    "distance": "5k",
                    "status": "1"
                },
                {
                    "runId": "5",
                    "distance": "3k",
                    "status": "0"
                }
            ]
        },
        {
            "id": "4",
            "cityId": "2",
            "Chennai": [
                {
                    "runId": "1",
                    "distance": "5k",
                    "status": "1"
                },
                {
                    "runId": "2",
                    "distance": "10k",
                    "status": "1"
                },
                {
                    "runId": "4",
                    "distance": "15k",
                    "status": "1"
                }
            ]
        }
    ]
}'

Depois de explicar como você deseja preservar o id valores nos subarrays, aqui está essa solução:

Código:(Demonstração )

foreach ($resultset as $row) {
    if (!isset($result[$row["cityId"]])) {
        $result[$row["cityId"]] = array("cityId" => $row["cityId"], $row["cityName"] => array(array("id" => $row["id"])+array_slice($row,-3)));
    } else {
        $result[$row['cityId']][$row["cityName"]][] = array("id" => $row["id"])+array_slice($row,-3);
    }
}

if (!isset($result)) {   // don't need to check rowCount() at all
    $result = 'Runs not found';
} else {
    $result = array_values($result);
}

$result = array("status" => true, "runsBasedOnCity" => $result);
var_export(json_encode($result, JSON_PRETTY_PRINT));