atualizando a tabela mysql usando o parâmetro where da célula jtable

Não entendo a confusão. Você pode especificar o parâmetro da mesma forma que especifica o parâmetro para "ItemCount":

String SQLupdate = "UPDATE tableItem SET ItemCount= ? WHERE ItemCode = ?";
ps = con.prepareStatement(SQLupdate);

for(int row=0; row<rows; row++) 
{
    String itemCode = (String)tabelDetailDO.getValueAt(row, 0);
    itemCount = (int) tabelDetailDO.getValueAt(row, 2);
    addItemCount = (int) tabelDetailDO.getValueAt(row, 3);
    totalItemCount = itemCount + addItemCount;
    ps.setInt(1, totalItemCount);
    ps.setString(2, itemCode);
    ps.addBatch();
}

Observe que eu nunca usei uma atualização em lote, então primeiro tente fazer a lógica funcionar sem o lote, então você precisará executar a atualização toda vez no loop. Sim, eu sei que não é eficiente, mas você está apenas testando o SQL.

Então, quando isso funcionar, você tenta usar a atualização em lote.