Eu prefiro colocar todas as consultas maiores em um arquivo. Dessa forma, você pode ter realce de sintaxe e é fácil carregar na inicialização do servidor. Para estruturar isso, costumo ter uma pasta para todas as consultas e dentro dessa uma pasta para cada modelo.
# queries/mymodel/select.mymodel.sql
SELECT * FROM mymodel;
// in mymodel.js
const fs = require('fs');
const queries = {
select: fs.readFileSync(__dirname + '/queries/mymodel/select.mymodel.sql', 'utf8')
};