Você precisa participar com
product_filters
separadamente para cada atributo:SELECT DISTINCT products.*
FROM products
JOIN product_filters AS f1 ON f1.product_id=products.id
JOIN product_filters AS f2 ON f2.product_id=products.id
WHERE ( f1.attribute_id=1 and f1.filter_id in (1,2) )
AND ( f2.attribute_id=3 and f2.filter_id in (6) )
DEMO
Sua versão tentou encontrar uma única linha em
product_filters
que tem os dois IDs de atributo, o que não é possível.