Precisa mostrar MAX COUNT do Total Customer comparando duas tabelas

Assim como você seleciona COUNT(Customer_Nbr) na 1ª subconsulta, selecione-o também na 2ª subconsulta:

SELECT Entity_Name, 
       COUNT(Customer_Nbr) AS `Total Customer`,
       SUM(CASE WHEN Payment_Mode = 'Online Payment' THEN Amount ELSE 0 END) AS `Online Payment`,
       SUM(CASE WHEN Payment_Mode = 'Cash' THEN Amount ELSE 0 END) AS `Cash Payment`,
       SUM(Amount) AS `Total Payment`
FROM mq_paymentlist
GROUP BY Entity_Name

e na consulta principal use GREATEST() para escolher o valor máximo:

SELECT b.Entity_Name, 
       GREATEST(b.`Total Customer`, p.`Total Customer`) AS `Total Customer`
.........................