Eu não sei como você está importando os CSVs, mas a maneira que eu faria é escrever um script (php/perl) para ler cada arquivo, arredondar ou cortar o carimbo de hora para segundos e executar instruções INSERT no DATABASE.
Algo como
<?php
$file=fopen("your.csv","r");
mysql_connect ($ip, $user, $pass);
while(!feof($file))
{
$line = explode(',',fgets($file));
mysql_query("INSERT INTO TABLE1 (ID, DATE) values (".$line[0].", ".substr($line[1],0,19).")");
}
fclose($file);
?>
Execute isso na linha de comando e deve fazer o trabalho
