O manual do MySQL afirma que não há limite no número de bancos de dados aqui:número máximo de bancos de dados no MySQL

No entanto, como cada banco de dados requer a criação de um diretório no sistema de arquivos, e o sistema de arquivos pode ter um limite no número de diretórios em uma pasta, há um limite efetivo.

Verifique a documentação do seu sistema de arquivos para o número máximo de diretórios permitidos (NTFS ~ 4 bilhões, ext3 ~ 32000, ext4 ~ ilimitado, etc.)