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Diferenças entre utf8 e latin1
Não posso dizer que sou um especialista nesta área, mas até onde posso ver, UTF8 e Latin1 codificam caracteres de forma diferente. Portanto, tentar agrupar UTF8 usando Latin1 não faz sentido.
http://dev.mysql.com/doc/refman /5.0/en/charset-applications.html
Enquanto:
CREATE DATABASE mydb
DEFAULT CHARACTER SET utf8
DEFAULT COLLATE utf8_general_ci;
é consistente.
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Desculpe, acabei de reler sua pergunta e você diz que a tabela está usando latin1. Ímpar. Você já tentou usar os agrupamentos utf8?