Mysql
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MySQL Count registros correspondentes de várias tabelas


Outra maneira de reescrever essa consulta.

Agrupe e conte em cada tabela individualmente, depois junte:
SELECT  a.id, 
        COALESCE(b.t1, 0) AS t1,
        COALESCE(c.t2, 0) AS t2,
        COALESCE(d.t3, 0) AS t3
FROM
        entity a
    LEFT JOIN
        ( SELECT ei,
                 COUNT(*) AS t1
          FROM table1
          GROUP BY ei
        ) AS b
            ON a.id = b.ei
    LEFT JOIN
        ( SELECT ei,
                 COUNT(*) AS t2
          FROM table2
          GROUP BY ei
        ) AS c
            ON a.id = c.ei
    LEFT JOIN
        ( SELECT ei,
                 COUNT(*) AS t3
          FROM table3
          GROUP BY ei
        ) AS d
            ON a.id = d.ei
  ;

Você definitivamente deve adicionar um índice em (ei) em cada uma das 3 mesas, se você não tiver uma.