Quando você usa
WHERE condição na tabela do lado direito de um LEFT JOIN (Outer Join), ele se torna efetivamente um INNER JOIN , porque WHERE cláusula precisa corresponder às condições. É por isso que você está recebendo apenas casos em que c.active = 1 . Você precisa mudar o
WHERE condição para LEFT JOIN .. ON .. AND .. doença:SELECT
p.id, c.id as category_id
FROM
(SELECT id FROM products p WHERE p.id > 6319055 ORDER BY id LIMIT 1000) prods
LEFT JOIN
products p ON p.id = prods.id
LEFT JOIN
categories c ON c.id = p.category_id
AND c.active = 1
