1. Não use file() a menos que você realmente queira os dados linha por linha. file_get_contents() é melhor.
2. $query==file($file_name); Acho que você não quer fazer uma comparação aqui.
3. mysql_query só irá executar uma única consulta de uma só vez. Você terá que encontrar alguma maneira de separar suas consultas no arquivo e executá-las uma a uma.