1. Você pode definir campos de incremento automático manualmente, o índice continuará contando a partir desse número (exceto se o id for menor que o índice ai atual)
2. Os campos de incremento automático são únicos, portanto, você deve ter muito cuidado ao definir um campo ai manualmente
3. Os campos de incremento automático em geral não devem ser definidos manualmente. Se você postar seu caso de uso, talvez possamos ajudá-lo a encontrar uma solução melhor