Funciona para mim com essas configurações.
<add name="ProviderName"
type="SubSonic.MySqlInnoDBDataProvider, SubSonic"
connectionStringName="ConnectionString"
generateLazyLoads="true"
generatedNamespace="My.NameSpace"
generateRelatedTablesAsProperties="true"
tableBaseClass="ActiveRecord" />
Subsonic 2.2 e MySql 5.1.30.Você também deve verificar se ambas as tabelas são MyISAM.
E você acabou de criar essa chave estrangeira? Então é provável que o Subsonic não perceba suas alterações, porque o MySQL parece armazenar em cache o Tableschema. Consulte:http://code.google.com/p/subsonicproject /issues/detail?id=87
