Estou assumindo que você está endereçando os nomes das tabelas em maiúsculas, que funcionaram no Windows, mas não funcionam mais no Linux devido à diferenciação de maiúsculas e minúsculas.

Você poderia renomeie cada banco de dados. No entanto, se você tiver acesso à configuração do mySQL, também poderá set --lower-case-table-names para 1 .

Não tenho experiência com a opção, mas de acordo com o manual, ela faz o mySQL se comportar sem distinção entre maiúsculas e minúsculas em relação às tabelas, como por padrão no Windows.