Conforme documentado em Ajuste fino da pesquisa de texto completo do MySQL :

Observe que, conforme descrito em outro lugar nesta página, você deve definir esta variável quando o MySQL iniciar (por exemplo, como uma opção de linha de comando, ou no [mysqld] seção de um arquivo de opção relevante) e deve reconstruir seus índices de texto completo uma vez que tenha sido alterado.