Mysql
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Excluir arquivos que não estão em uma tabela mySQL


Basta selecionar todas as imagens que não devem ser excluídas do banco de dados e passar por todos os arquivos. 
$result = mysql_query("SELECT filename FROM no_delete");
while($row = mysql_fetch_assoc($result)) {
   $do_not_delete[] = $row['filename'];
}

foreach(glob("*") as $filename) {
    if (!in_array($filename, $do_not_delete)) {
        //delete them
    }
}