Se entendi corretamente, você deseja encontrar um pedido que tenha uma linha de pedido que satisfaça uma condição (referência ="F40") e outra linha de pedido que satisfaça outra condição (descrição ="Epee").
Fazer uma única junção não resolverá isso, pois você estará procurando por uma linha de pedido que satisfaça as duas condições. Você deve fazer algo assim em vez disso:
SELECT orderNumber FROM `order`
WHERE id IN (
SELECT orderid FROM orderDetail od1
INNER JOIN orderDetail od2
USING (orderid)
WHERE od1.reference = 'F40' AND od2.description = "Epee"
)