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Php Mysql NOT IN array afetando apenas o primeiro resultado no array


Você não precisa da cotação aqui:
WHERE id NOT IN('".$exclude."')
                ^            ^

Além disso, você pode obter o mesmo resultado em uma consulta:
SELECT 
  id, 
  firstName, 
  lastName 
FROM members 
WHERE id NOT IN
  (SELECT 
     member_id 
   FROM appointments 
   WHERE joint_id = '$jointid')