Você está certo, você não pode chamar seu alias nas cláusulas WHERE ou HAVING, mas fora isso não tenho certeza do que você quer dizer; GROUP BY e HAVING devem ser usados juntos:
SELECT a.ID, sum(b.Qty*b.Price) AS Subtotal
FROM tbl_One AS a
LEFT JOIN tbl_Two AS b ON b.TwoID = a.ID
GROUP BY a.ID
HAVING sum(b.Qty*b.Price) > 100 AND sum(b.Qty*b.Price) < 200
