Uma maneira fácil de fazer isso é adicioná-lo ao caminho do ambiente Windows (está no caminho na maioria dos sistemas Unix). Então você só precisa chamar o mysql do script.

Aqui está a página de informações sobre como fazer isso no MySQL:Início do serviço MySQL Windows

E nessa página você deseja encontrar o texto

e leia essa seção. Usando este método, você só precisa chamar o mysql sem um caminho.