como usar sessões e matrizes em uma consulta de banco de dados para armazenar e exibir dados

você está substituindo todas as três variáveis dentro do loop while em cada iteração, é por isso que você está obtendo apenas um resultado (que foi o último conjunto de dados executado dentro do while ciclo.

Existem basicamente 3 coisas que você pode fazer para resolver seu problema.

1. Use um array para armazenar todos os resultados obtidos do loop

    while ($y=mysqli_fetch_array($sql)) {
          $mrk[] = implode("", DekripCBC($y['nama_merk']));
          $mdl[] = implode("", DekripCBC($y['nama_model']));
          $wrn[] = implode("", DekripCBC($y['warna']));
     }

2. Use um array pré-definido para armazenar todos os resultados obtidos do loop usando array_push .

  /**There are 3 ways to define an empty array. You can use any of the following
      1.$emptyArray = [];
      2.$emptyArray = array();
      3.$emptyArray = (array) null;
   * */

  $dataSet =[];

    while ($y=mysqli_fetch_array($sql)) {
          $data['mrk'] = implode("", DekripCBC($y['nama_merk']));
          $data['mdl'] = implode("", DekripCBC($y['nama_model']));
          $data['wrn'] = implode("", DekripCBC($y['warna']));

        array_push($dataSet ,$data);
     }

3.concatene os valores em sua variável

  while ($y=mysqli_fetch_array($sql)) {
    // I have added a seprator(,) for all the variables so that there will be a , after every result and it wouldn't make you confused at the end
         $mrk .= implode("", DekripCBC($y['nama_merk'])).','; 
         $mdl .= implode("", DekripCBC($y['nama_model'])).',';
         $wrn .= implode("", DekripCBC($y['warna'])).',';
  }

Eu recomendo que você use o método no.1 ou no.2.

Espero que isso ajude você a resolver seu problema.

Se você quiser pesquisar vários ids usando a consulta:(já que mencionei nos comentários, vou adicioná-lo aqui.)

EX:

//You have multiple ids that you get from the session.

$jns = [12,13,4,5]; 

 //So now you can use a foreach loop to loop all the ids and use the query to get relevant data

 foreach($jns as $id){
     $sql = mysqli_query($kns, "Select stok.id_stok as id_stok, merk.nama_merk as nama_merk, model.nama_model as nama_model, stok.warna as warna FROM stok INNER JOIN model On stok.id_model=model.id_model INNER JOIN merk ON model.id_merk=merk.id_merk where id_stok = '$id' ") or die(mysqli_error($kns));

    while ($y=mysqli_fetch_array($sql)) {
       $mrk[] = implode("", DekripCBC($y['nama_merk']));
       $mdl[] = implode("", DekripCBC($y['nama_model']));
       $wrn[] = implode("", DekripCBC($y['warna']));
     }
  }

Por este método, você pode obter todos os dados para os ids mencionados acima e atribuí-los ao array.