Apesar da documentação que diz que as entradas vazias são mapeadas para o valor 0 , LOAD DATA INFILE na verdade não lida com entradas vazias. Eles devem ter um valor apropriado para o tipo de dados da coluna ou então a sequência \N para significar NULO.

Veja o bug http://bugs.mysql.com/bug.php?id=64603

Para corrigir isso, você pode substituir \N para entradas vazias com um comando sed (ou qualquer ferramenta de substituição de texto equivalente que você use no Windows).

Consulte também MySQL carrega valores NULL de dados CSV