É para isso que servem as entradas ocultas. Adicione um para o seu id:
<input type="hidden" name="id[]" value="<?=$rows['id']?>" />
Além disso, você não precisa salvar a contagem. Você pode contar o número de itens em uma matriz usando
count($id) . Por fim, higienize suas entradas. Nunca coloque dados enviados pelo usuário diretamente em uma consulta. Use
intval para inteiros e mysql_real_escape_string para strings ou use instruções preparadas. 
