O usuário 'root' para MySQL NÃO é o mesmo que o usuário root para efetuar login no computador, então não deve haver efeitos colaterais desde que você conceda os direitos apropriados ao usuário mysql no servidor de produção.
Esse é o usuário mencionado em
$ mysql -u user -p password db_name
que poderia compartilhar um nome com um usuário conectado ao computador, mas não precisa.
EDIT:note - um usuário comum pode iniciar o mysql como root se a senha correta for usada no comando acima. Isso não será o mesmo que raiz senha, se você sabe o que quero dizer.
Se não estiver claro, você deve definitivamente se familiarizar com o significado de 'root' em um contexto MySQL.
