A persistência do WebSphere MQ é sempre um sistema de arquivos local para plataformas distribuídas. No mainframe existe a possibilidade de usar um banco de dados DB2 em um Sysplex com um Coupling Facility, mas para todo o resto é um sistema de arquivos.

Além disso, não há persistência local para clientes WebSphere MQ. Apenas o gerenciador de filas persistirá nas mensagens.

Na família WebSphere, o System Integration Bus do WebSphere Application Server tem a capacidade de usar um banco de dados para sua persistência de mensagem. SIBus é uma implementação JMS fornecida com WAS para troca de mensagens na célula WAS e entre instâncias WAS.