Mysql
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Pesquisa de critérios com base em TextField e um menu de lista


Há algo estranho em sua cláusula where.

Se você testar:(A E B) OU (A OU B) 
A => a.establishment_name LIKE '".$search_value."'
B => a.location_id = '".$location_search_value."'

SE A é verdadeiro, então não há necessidade de que b seja verdadeiro. E isso explica que seu terceiro exemplo não está funcionando. Acho que você deve testar seu valor e criar a cláusula WHERE correta com base em sua explicação. 
if($search_value != "" && $location_search_value == "") {
    $where = "a.establishment_name LIKE '".$search_value."'";
} else if ($search_value == "" && $location_search_value != "") {
    $where = "a.location_id = '".$location_search_value."'";
} else {
    $where = "(a.establishment_name LIKE '".$search_value."' AND a.location_id = '".$location_search_value."')";
}
$query = "SELECT a.*, b.location_name ".
         "FROM establishment a ".
         "JOIN location b ON a.location_id = b.location_id ".
         "WHERE ".$where;