Escrevi vários aplicativos que misturam e combinam bancos de dados relacionais e não relacionais (MySQL, Mongo, PostGRES e Riak). Na verdade, não é particularmente difícil fazer isso no Rails, e até escrevi uma biblioteca que cria relações entre diferentes tipos de bancos de dados (para que seus modelos Ripple possam "pertence_to :user" onde a tabela de usuário está no MySQL).

Você deve sempre deixar suas necessidades conduzirem as decisões. Não perca tempo enfiando seus usuários no Mongo se você se sentir mais confortável em mantê-los em um banco de dados relacional ou tentando enviar informações de relatórios que podem não ser normalizadas em uma tabela MySQL. A análise de quais entidades você está armazenando e os relacionamentos entre elas conduzirão suas implementações.