Parece que o problema não está em catalog_product_website tabela. O problema na tabela de índice de preços, talvez haja alguns registros antigos da versão anterior, que devem ser excluídos. Eu recomendo que você reindexe todos os índices. O processo de reindexação completa limpa a tabela de índice primeiro e, em seguida, preenche a tabela com dados. Deve ajudar.

Se a reindexação completa não estiver ajudando, é possível que sua parcela tenha módulos que observem prepare_catalog_product_price_index_table evento, que modifica a seleção de reindexação de uma forma de junção adicional que multiplica o número de linhas com a mesma chave primária. Também pode causar tal erro.

Saúde, Ivan