mysqldump cria o dump de chaves estrangeiras também... ele adiciona sintaxe como:
mysql> SET foreign_key_checks = 0;
mysql> SOURCE dump_file_name;
mysql> SET foreign_key_checks = 1;
Você pode ler o manual em:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/create-table-foreign-keys.html para mysqldump de chaves estrangeiras
