Basta criar 2
Database
instâncias de classe. Livre-se da
public static function getInstance(){}
Não faça assim:$db = Database::getInstance();
Em vez de:
$db1 = new Database();
$db2 = new Database();
Editar
Database
construtor para algo como public function __construct($dns, $username, $password){
$this->db = new PDO($dns,$username,$password);
}