Classes que estão em seu
<select> original são copiados para o <div> gerado pelo Select2, portanto, você não deve esperar obter seu <select> original apenas usando um seletor de classe. O que está acontecendo agora é que você está configurando o
.html() do <div> em vez do <select> , razão pela qual não está mais sendo exibido corretamente. Em vez de fazer $(".cr_coursedescription").html(html);
Você deveria experimentar
$("select.cr_coursedescription").html(html);
Portanto, ele obtém apenas o
<select> elemento.