Tentar:
CREATE TABLE `test_table` (
`id` bigint(20) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT,
PRIMARY KEY (`id`)) ENGINE=InnoDB AUTO_INCREMENT=1;
SET @`tmpvar` := 12345;
SET @`stmt_alter` := CONCAT('ALTER TABLE `test_table` AUTO_INCREMENT = ', @`tmpvar`);
PREPARE `stmt` FROM @`stmt_alter`;
EXECUTE `stmt`;
DEALLOCATE PREPARE `stmt`;
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ATUALIZAÇÃO
Você pode usar 13.5 SQL Syntax for Prepared Statements for 13.1.14 CREATE TABLE Syntax .
SET @`tmpvar` := 12345;
SET @`stmt_create` := CONCAT('CREATE TABLE `test_table` (
`id` bigint(20) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT,
PRIMARY KEY (`id`)) ENGINE=InnoDB AUTO_INCREMENT=', @`tmpvar`);
PREPARE `stmt` FROM @`stmt_create`;
EXECUTE `stmt`;
DEALLOCATE PREPARE `stmt`;
Demonstração do SQL Fiddle
