Se você não pode modificar o programa, então você deve habilitar magic_quotes_gpc - o recurso em si ainda está disponível no php 5.3 - apenas obsoleto.

No entanto, atualizar para o php 5.4 e executar o aplicativo seria um problema de segurança. Portanto, depois de ter sido avisado sobre a descontinuação, considere como deseja manter a manutenção do aplicativo em questão no futuro.