Mysql
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cronjob lendo de um banco de dados e gravando em outro


Em suma, não. O script SQL forneceria apenas comandos para executar no servidor de banco de dados. Você ainda precisa de algo para fazer conexões de servidor. O SQL não fará isso por você, não é para isso que o SQL serve.

Você precisará usar um cliente, mysql/python ou o que mais lhe convier. Sugiro que não complique as coisas desnecessariamente. O que você está fazendo agora parece bom.