Diferença:Quando você estiver usando 127.0.0.1 em vez de localhost, o PHP tentará estabelecer uma conexão TCP com o mysql em vez de usar um soquete de domínio UNIX.

Regularmente, deve ser mais rápido usar soquetes de domínio UNIX, mas parece que em seu aplicativo esse não é o caso, pois leva muito tempo para se conectar usando o soquete de domínio UNIX. Você modificou o valor do php.ini mysql.default_socket ou pdo_mysql.default_socket ? Deve estar vazio por padrão. Se não pode postar esse valor?